1. Comprendre la réforme
En quoi consiste cette réforme ?
Aujourd'hui, les factures de vos fournisseurs (logiciel métier, matériel médical, consommables, électricité, loyer du cabinet) vous arrivent en papier ou en PDF par e-mail, avant d'être classées ou envoyées à votre comptable ou votre AGA/association de gestion.
À partir de septembre 2026, elles arriveront automatiquement sur une plateforme officielle (PA) dans un format lisible directement par votre logiciel de comptabilité ou de gestion.
Une facture électronique n'est pas une simple télétransmission SESAM-Vitale ni un PDF envoyé par mail : c'est un document numérique structuré qui circule sur un canal sécurisé officiel.
💡 L'idée à retenir À partir de septembre 2026, le papier et le PDF par mail disparaissent pour toutes vos dépenses professionnelles. Même si vos actes de soins sont exonérés de TVA, vous devez disposer d'une plateforme pour recevoir les factures de vos fournisseurs.
Pourquoi cette réforme ?
Lutter contre la fraude à la TVA sur l'ensemble du tissu économique français.
Simplifier le suivi comptable : à terme, les déclarations fiscales et de TVA (pour les professionnels assujettis) seront automatisées et pré-remplies.
Centraliser et sécuriser les échanges B2B (Business-to-Business) entre professionnels.
Qui est concerné, en quelques chiffres
7 millions d'entreprises et professionnels concernés en France.
Plus de 400 000 professionnels de santé libéraux et structures de soins impactés.
2. Les deux dates à retenir
Comme pour tous les secteurs, la réforme distingue la réception des factures d'achats et l'émission des factures de ventes/prestations.
Première date : 1er septembre 2026
Cette date concerne absolument TOUS les professionnels de santé libéraux, quel que soit leur mode d'exercice ou leur régime fiscal. Vous devez obligatoirement être en mesure de recevoir vos factures fournisseurs au format électronique.
Concrètement : Doctolib, vos fournisseurs de matériel médical, votre éditeur de logiciel métier, EDF, votre propriétaire commercial ou votre expert-comptable vous enverront leurs factures via une plateforme. Si vous n'avez pas ouvert d'accès à une plateforme à cette date, vous ne pourrez plus recevoir vos factures d'achats.
📍 Cas concret Le Dr. Martin est médecin généraliste conventionné (Secteur 1). Ses actes médicaux ne sont pas soumis à la TVA. En revanche, il paie un abonnement pour sa plateforme de prise de RDV, loue son cabinet et achète du matériel de stéréostrip et des draps d'examen. Au 1er septembre 2026, tous ces prestataires lui enverront leurs factures électroniques sur sa plateforme.
Deuxième date : 1er septembre 2027
Cette date concerne l'obligation d'émettre des factures électroniques pour les prestations réalisées entre professionnels (B2B).
Concrètement : si vous réalisez des activités facturées à des entreprises ou des structures (expertises médicales pour des assurances, vacations en clinique privée, cours dispensés à l'université, ou sous-location/redevance de collaboration entre confrères), ces factures devront être émises au format électronique structuré via votre plateforme.
📍 Cas concret Valérie est masseur-kinésithérapeute. En plus de ses soins aux patients, elle facture chaque mois une redevance de collaboration à son assistant et réalise des expertises ergonomiques pour des entreprises privées. À partir du 1er septembre 2027, elle devra obligatoirement émettre ses factures d'expertise et de rétrocession via la plateforme officielle.
Et les établissements de santé et laboratoires ?
Les grandes cliniques privées, les grands laboratoires d'analyses médicales, les groupes d'EHPAD ou de centres de santé (plus de 250 salariés) font partie de la première vague : ils devront émettre et recevoir des factures électroniques dès le 1er septembre 2026.
⏱️ Quand vous équiper concrètement ? Le plus tôt possible. L'échéance de septembre 2026 coïncide avec la rentrée et le redémarrage des cabinets. Il est fortement conseillé de s'équiper au printemps 2026 (entre mars et mai) afin que votre plateforme soit paramétrée sereinement avant la pause estivale.
3. Êtes-vous concerné ?
Toute personne physique ou morale disposant d'un numéro SIREN/SIRET pour son activité professionnelle est concernée, au minimum pour la réception de ses factures.
Tous les profils sont concernés
Votre activité / Régime | Êtes-vous concerné ? | À quel niveau ? |
Secteur médical / paramédical exonéré de TVA (Médecins, Infirmiers, Kinés, Dentistes...) | Oui | Réception obligatoire de 100 % des factures fournisseurs. Émission uniquement si facturation B2B. |
Secteur assujetti à la TVA (Pharmacies, Opticiens, Vétérinaires, Actes esthétiques non remboursés...) | Oui, à 100 % | Réception, émission (B2B) et e-reporting. |
Sociétés de moyens (SCM, SISA, MSP) | Oui, à 100 % | Réception obligatoire des charges communes et émission des appels de cotisations aux associés. |
Toutes les structures juridiques sont concernées
Professionnel libéral en entreprise individuelle (BNC).
SELARL, SELAS, SURL.
SCM (Société Civile de Moyens) et SISA (Société Interprofessionnelle de Soins d'Exercice Libéral).
MTP (Maison de Santé Pluriprofessionnelle) sous forme sociétaire.
Pharmacies d'officine (SNC, SEL, EI).
Et ce qui n'est PAS concerné (Règles spécifiques au secteur de la santé)
Il est crucial de bien faire la différence entre l'activité médicale auprès des patients et les opérations commerciales :
Les actes de soins aux patients (B2C) : Vos feuilles de soins (FSE), télétransmissions SESAM-Vitale, décomptes CPAM et règlements par les mutuelles ou les patients ne sont pas concernés par la plateforme de facturation électronique. Vous conservez votre logiciel métier et vos lecteurs de carte Vitale habituels.
Les actes médicaux exonérés de TVA (Art. 261, 4-1° du CGI) : Les soins dispensés aux patients ne nécessitent pas l'émission d'une facture électronique sur le portail national.
Le e-reporting : Pour les professionnels pratiquant des actes assujettis à la TVA et payés directement par les patients (ex: chirurgie esthétique non prise en charge, médecine vétérinaire, vente de produits en officine), les données globales de ventes devront faire l'objet d'un e-reporting (transmission synthétique des encaissements à l'administration fiscale).